Nel 1645 il Conte Carlo Zani costituì presso il Palazzo del Giglio di Via Cartoleria il Collegio San Carlo, tramite il quale si prese la missione spirituale di educare i figli del popolo, dal momento che nel palazzo adiacente i Gesuiti del Collegio San Francesco Saverio educavano i figli dei nobili. Il conte Carlo Zani, alla vigilia della sua morte nel 1654, affidò la direzione del Collegio ai vicini PP Gesuiti, che oltre al S. Francesco, ora avevano in gestione anche il Collegio S. Carlo, da loro rinominato per l’occasione, in onore del grande Santo Gesuita, Collegio San Luigi.
Nel 1773 una bolla papale soppresse l’ordine dei Gesuiti, e la gestione dei due collegi venne affidata quindi ai PP Barnabiti. Neanche sei anni più tardi un ordine delle milizie napoleoniche obbligò i PP Barnabiti a fondere assieme i due collegi e a sgomberare in ventiquattr’ore i locali del S. Francesco, che verranno in meno di due giorni adibiti a caserma.
Seguì un secolo di turbolenti cambiamenti di sede, tra cui due soppressioni, fusioni e continui adattamenti didattici dovuti ai mutevoli voleri dei papi e delle istituzione cittadine.
Nel 1872 si venne a sapere che era in vendita il Palazzo Montaldo, situato in Via D’Azeglio, che era stato fino al 1797 sede del Collegio Montaldo, fondato dallo stesso Papa Sisto V per i suoi comprovinciali marchigiani. Fra gli acquirenti si presentarono subito i Barnabiti che, dopo essersi aggiudicati il possesso del palazzo per 160.000 lire, vi si trasferirono definitivamente il 17 Novembre 1872, dove il Collegio San Luigi risiede tutt’ora.
Il logo, stemma del Collegio da oltre 350 anni, è un insieme di simboli che riassumono i tre grandi valori che guidano il cammino del Collegio: Verità, Bontà, e Bellezza; espressi attraverso il monogramma P.A. (San Paolo), il vascello degli Argonauti, la Croce e la dicitura “Propere et Prospere” del cartiglio.