Fondato nel 1883 da Don Antonio Costa con il nome di Ginnasio G. Mezzofanti, ebbe la sua prima sede presso la Parrocchia di San Martino Maggiore. E’ solo nel 1911 che l’istituto viene intitolato a Marcello Malpighi, celebre medico, anatomista e fisiologo del XVII secolo. Dopo diversi decenni di storici presidi, cambiamenti di sede e ampliamento dell’offerta formativa, nel 1975 il Malpighi si sposta nell’attuale sede di Via Sant’Isaia.
Nel 1988 avviene la svolta: diviene ente gestore del Malpighi la Fondazione Ritiro San Pellegrino, che grazie a bandi europei e nazionali, a collaborazioni con aziende e privati della regione e ad investimenti in progetti, fa diventare il Liceo Malpighi (divenuto nel frattempo anche Scuola Media) uno degli istituti più moderni e avanzati della città.
Oggi le Scuole Malpighi sono presenti anche a Castel San Pietro Terme e a Cento, e l’offerta formativa è incentrata prevalentemente su Licei Scientifici e Liceo Linguistici.
Il logo rappresenta un disegno della vecchia Porta Sant’Isaia, che se fosse ancora presente risiederebbe a pochi metri dall’attuale sede del Liceo. In basso, una goccia di sangue, in quanto Marcello Malpighi fu l’artefice di molte scoperte sulla linfa rossa, come la presenza dei globuli rossi o il legame tra arterie e vene.