L’istituto, con sede in Via Mazzini appena fuori dal centro storico di Bologna, è intitolato alla celebre figura di Enrico Fermi, Premio Nobel per la fisica 1938, noto per i suoi studi sulla meccanica quantistica e sulla fisica nucleare. Fermi progettò e guidò la costruzione del primo reattore nucleare a fissione, che produsse la prima reazione nucleare a catena controllata. Fu inoltre, tristemente, uno dei direttori tecnici del Progetto Manhattan, che portò alla realizzazione della prima bomba atomica.
Il logo rappresenta un atomo, simbolo della fisica nucleare, nel quale sono intagliate le figure delle due torri di Bologna.